王恕、马文升、刘大夏、刘健、谢迁、李东阳等人，为他励精图治立下了汗马功劳。在群臣之中，孝宗最信任的是王恕，也因有了王恕，孝宗才如虎添翼，雄风大振。王恕是在成化末年被宪宗强迫致仕的老臣，以“好直言”著称。孝宗即位后两个月，由于许多大臣的推荐，将他任命为吏部尚书，一直干了将近6年之久。新君的善任使王恕感激不尽，在职期间，除了仍能上疏抨击时弊之外，忠于职守，先后向孝宗引荐了包括刘大夏在内的许多人才。孝宗极为赏识的还有马文升。这是一位文才武略兼备的大臣，弘治二年公元1489年由左都御史升任兵部尚书，并提督12营团。马文升到职以后，因兵备久驰，他大力整军，罢免了30余名不称职的将校。结果惹起遭贬将校的怨恨，有人夜间持弓等在他的门口，企图行刺，还有人写了诽谤信，射入皇宫之内。孝宗立即下令锦衣卫缉捕，并特拨骑士12人，时时跟随保卫马文升。数年之后，孝宗仍把重用忠良之士做为治理朝政的保证，又陆续把刘健、谢迁、李东阳等人提升到内阁当中，参预机务。对于内阁大臣们的奏请和意见，孝宗初时尽管大多能听从，有时也并非全都认可，但后来他看到这些人确实在同心辅佐，信任程度便大为加强。凡阁臣们的奏请，无所不纳，与他们的关系极为融洽，因刘健曾在他做太子时，担任过讲官，就一直称其为先生，尊重异常。孝宗接见刘健等人的时候，往往要左右之人退下，据这些人出去讲，孝宗对阁臣们讲的话，言听计从，每每称善，这种情形在君臣之间，确实少见。
孝宗在减轻百姓负担上也做了许多好事。这表现在减免灾区的赋税征收上。从弘治三年河南因灾免秋粮始，他对每年奏报来的因灾免赋要求，几乎无一例外地加以同意。弘治六年，山东因灾情严重发生饥荒，孝宗闻奏之后，向灾区发送去帑金50余万两，米200余万担，并派了官员监督发放，不仅免除灾区税赋，还通过赈济拯救了260余万灾民的生命。为了整治黄河以及江南的水患，孝宗令刘大夏于弘治五年七月，来到了山东，坐镇阳谷。刘大夏不负使命，完成了多项水利工程，历时两年，终于治服了水害。奉旨到江南治理水害的工部侍郎徐贯，也出色地完成了钦命。他在江浙地区大搞调查研究，从而确定了比较完善的治水方案，一举修建、沟通河、港、泾、湖、堤岸等135道，从而使洪水通过吴淞、白茆地方的渠道，毫无阻拦地泄入海中，除掉了威胁朝廷主要经济区的一大祸害。
在施恩于百姓的同时，孝宗继续虚心纳谏，鼓励广开言路的风气，亲近大臣，远离小人，勤于政事，表现得相当明智。弘治九年闰三月，少詹事王华在文华殿向他进讲大学衍义，趁机揭发太监李辅国与张皇后关系甚密，招权纳贿。此事被李辅国知道后，马上报复，说王华有种种劣迹，应予驱逐。孝宗没有听信这番鬼话，反而哈哈大笑，传令中官赐食给王华，以示亲近。弘治十年二月，孝宗在后苑游玩的时间过长，侍讲学士王鏊反复规劝，孝宗当时没有接受，事后却没有怪罪，而是对诱导他玩乐的太监说：“讲官指出这一缺点完全正确，是一片诚挚之情，完全是为我着想啊”自此之后，不再到后苑游猎寻欢。为了引导大臣们踊跃进言，孝宗还经常提出这件事情，请人们知无不言。他为取消讲官的顾虑，避免讲官为此观望，不肯大胆进言，特召来刘健等人，说：“讲书必须要讲那些圣贤之言，如此直言不妨。”进而又明确要求阁臣们：“传我的话给诸位讲官，不必顾虑。”孝宗如此虚心，在明王朝历代君主中是不多见的。
三、知过能改限制勋戚
为了加强军事力量，弘治十五年公元1502年，孝宗将曾修治黄河有功的刘大夏，由总督两广军务的左副都御史，提升为兵部尚书。刘大夏在兵部尚书任内，颇想痛行一番改革，因此常把民间的真实情况告诉孝宗。有一次，孝宗在便殿召见刘大夏，问他：“你几次对我说天下已经民穷财尽，祖宗以来征敛有常，我也尽力采取措施减轻百姓的赋税、徭役，为什么还是这样呢”刘大夏回答说：“陛下以为征敛有常规，其实不然。我在两广任职，每年见广西取铎木，广东取香药，费以万计。这种情况，陛下可知道”孝宗又问军队的情况，刘大夏回答说：“与百姓一样穷苦不堪。”孝宗很不理解，说：“士兵平时月有口粮，出征时也有行粮，怎么会穷”刘大夏向他报告说：“将领统帅克扣的数量，在半数以上，怎能不穷”孝宗遂感叹道：“我做君主已经很久了，竟不知天下军民如此困苦，这也是我失职啊”于是，下诏严令将帅不得侵吞士兵的军费。孝宗对刘大夏这样的大臣，非常喜爱，经常召他在一起商讨大事。有时与刘大夏在一起交谈的时间过长，感到十分疲劳，就传司礼太监李荣搀扶走路。有一次早朝，刘大夏立于一侧，孝宗没有看到，第二天就告诉他：“你昨天失朝了吗我担心御史找你的麻烦，所以当时也没让人召你。”这个小小的误会，足以说明孝宗对爱臣的感情。在孝宗的支持下，刘大夏大力整顿军事。先是从核查军队虚额入手，补进了大量壮丁，同时也请孝宗停办了不少“织造”和斋醮。孝宗看了刘大夏写的“兵政十害”的疏奏，接受了他的许多建议，不过，也有一些保留，有的因为牵扯到权贵和近倖，孝宗认为与军备关系不大，就搁置起来，没加批示。如刘大夏力主把分布在各地的“镇守中官”一律撤召回京，这是一个正确的意见，但孝宗就没有同意。
在阁臣以及六部尚书的支持下，孝宗在弘治初年对朝政加以治理的基础上，沿着改良的道路，继续向前迈进，取得了明显成效。但勋戚宦官等为非作歹，仍是一个严重的社会问题，对此孝宗特别予以了注意。弘治三年九月，孝宗下令禁止宗室、勋戚奏请田土，不准接受外人的投献钱财、物品。这是一场几经反复的斗争。勋戚近臣对这项命令，几乎都持反对意见，并在行动上不加收敛，公然蔑视各种规定，他们中的一些人有的在京师之中大开店铺，邀截货商，收受献品，有的还在府中养了大批仆从，任意肆虐百姓。面对这种情况，孝宗再一次下达了关于“禁势家侵夺民利”的命令。弘治九年，孝宗排除阻力，首先对民愤极大的张皇后的两个兄弟开刀。皇后有两个弟弟张鹤龄和张延龄，张氏兄弟仗势骄肆，纵使家奴夺取民田、民宅，指使官吏释放行赂的囚犯，十分霸道。朝中大臣十分愤慨，纷纷上奏，孝宗收到举报后，就派人去调查，结果属实。孝宗毫不客气地严令制裁。
由于宫中一些太监对孝宗有很大的影响，孝宗身上的有些毛病改起来比较困难，尽管与他多年来的勤于政事的长处相比，这都瑕不掩瑜，但毕竟有失明君的形象，况且他也有铸成大错的时候。如他有热衷于斋醮、修炼的缺点。在政务上，孝宗对一些好的措施，也不能完全持之以恒，言而不行和中途动摇的情况，并不少见。在情况最严重的几年当中，孝宗停止了午朝的做法，除了早朝还能坚持，与大臣们几乎不再见面。章奏的批答也不及时，有的竟能滞留数月之久，批示过的也不过问执行的情况。幸好这种情形，到了弘治末年得到了改变。弘治十四年公元1501年之后，孝宗接到的劝谏疏奏日益增多，使他越来越清楚地认识到了自己的错误，并且注意了改正。
在孝宗的诸多失误当中，有一条是对皇戚勋爵的不法行为，缺乏一以贯之的打击。他曾经将这个问题看得相当严重，于弘治三年、九年下决心解决，但落到实处的制裁措施不多，其阻力主要来自张皇后。
弘治十八年三月，户部郎中李梦阳上书“指斥弊政”，洋洋数万言。其中指斥张皇后的兄弟张鹤龄尤其严厉，揭发他招纳无赖，渔肉百姓。张鹤龄与皇后母亲金夫人听说后，金夫人天天在孝宗面前哭闹，要将李梦阳下狱。孝宗不得已，照着做了。科道官纷纷上疏营救，金夫人也不放弃攻势，又在孝宗面前哭闹，要求对其加以重刑。孝宗大怒，推案而起。接着刑部来请示处理意见，孝宗毫不犹豫地提笔批示：“梦阳复职，罚俸三月”。过了一些日子，孝宗夜游南宫，张鹤龄入内陪酒，皇后、金夫人也在场。酒至半酣，皇后、金夫人入内更衣，孝宗独召张鹤龄谈话，左右不得闻，但见张鹤龄免冠叩头不止。鹤龄兄弟从此大为收敛。不久，孝宗在一次召见刘大夏时，谈完其他事情，又询问社会上舆论的情况。刘大夏告诉他：“最近放了李梦阳，中外欢呼，交口称赞陛下的圣德。”孝宗对他说：“李的上疏中有张氏两字，有人说这是对皇后的污辱，我没办法才将他下到狱里。刑部的请示一到，我曾经问人如何处置，有的竟说要杖责。我知道这些人的本意是要重责梦阳致死，以快妇人之忿。所以我下令将其释放复职，也不让司法拟罪。”
对皇戚勋爵的打击，在李梦阳获释之后，自然就达到了顶峰。锦衣卫和东厂的侦缉往来探听，据实治罪，颇有声势。那些往日横行不法的权贵，从孝宗的决断行动当中，感到寒光闪闪的利刃正在逼近，纷纷收敛了劣迹。京城中悄悄关闭了若干商栈店铺，被遣散的家奴仆人也纷纷另寻生路。京城一带遂告平安。
孝宗在执掌权力的最后一段时间里，全力以赴整顿朝纲，渴望帝国的振兴。弘治十八年，首辅李东阳奉旨去山东曲阜祭祀孔子，时值大旱，返京的路上，李东阳将所见所闻奏告孝宗，其中多是朝弊造成的不良后果。孝宗接到奏报，流下了痛心的眼泪，他反躬自省，竟夜不能眠。也就与此同时，工部尚书曾钅监为削减宫中的开支，向他进言，裁减尚衣局、军器局、司设监的匠人，他毫不犹豫地就加以批准。此后，他又接到了宫内针工局计划招收大批的裁缝入宫的奏告，就没有同意。孝宗还下令裁减织造数额的三分之一，大大节省了经费开支。